事業売却の利益にかかる税金|手取り額の考え方

相続・税務 引退からの逆算経営 2026.07.23 公開

譲渡価格が決まっても、手取り額はそこから税金を引いた金額です。そしてこの税負担は、譲渡のスキームによって大きく変わります。

株式譲渡の場合

オーナーが保有する株式を買い手に売る形です。譲渡益(譲渡価格 - 取得費 - 譲渡費用)に対して、個人の譲渡所得として課税されます。

税率の目安所得税15%+復興特別所得税+住民税5%で、合計おおむね20.315%。分離課税のため、他の所得と合算されません。

多くの中小企業では設立時の出資額が取得費となるため、譲渡価格のほぼ全額が譲渡益になります。3,000万円で譲渡した場合、税額はおよそ600万円、手取りは2,400万円前後という計算です。

事業譲渡の場合

法人が事業(設備・顧客・従業員など)を売る形です。この場合、売却益は法人の利益となり、法人税等が課されます。

  • 法人段階で法人税等(実効税率でおおむね30%前後)
  • 残った資金を個人へ移す際に、配当なら配当課税、退職金なら退職所得課税

つまり法人と個人の二段階で課税されるため、同じ譲渡価格でも手取りは株式譲渡より少なくなるのが一般的です。

それでも事業譲渡を選ぶ理由

税負担だけを見れば株式譲渡が有利ですが、実務では事業譲渡が選ばれることもあります。

  • 買い手が簿外債務や偶発債務のリスクを避けたい場合
  • 複数事業のうち一部だけを譲渡したい場合
  • 法人自体を手元に残したい事情がある場合
認証工場・指定工場の資格は、株式譲渡なら法人がそのまま存続するため引き継ぎやすく、事業譲渡では新たな取得が必要になることがあります。自動車業界では、この点がスキーム選択に大きく影響します。

役員退職金との組み合わせ

株式譲渡にあわせて役員退職金を支給する設計では、退職所得控除と2分の1課税により、譲渡対価だけで受け取るより手取りが増えるケースがあります。配分の最適解は勤続年数や譲渡価格によって変わるため、個別の試算が必要です。

税制は改正されます。また個別事情によって扱いが変わるため、実行にあたっては必ず税理士等の専門家にご確認ください。本記事は一般的な考え方の整理です。

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